Malgré la biodiversité, il existe aussi la pollution marine qui fait des ravages. La pollution marine englobe celle de pollution de l'eau, mais aussi celle des sédiments marins, et plus généralement toutes les atteintes aux écosystémes marins causées par des rejets de substances nuisibles par leur impacts, quelles que soient leur nature ou quantité. Selon le PNUE, 80 % environ des pollutions marines sont d'origine terrestre et anthropique (produites par les activités humaines).